1、饮食不足
新生儿进食太少时，消化后液体吸收余渣少，致大便减少、变稠。奶中糖量不足时肠蠕动弱，可使大便干燥。饮食不足时间较久引起营养不良，腹肌和肠肌张力减低，甚至萎缩，收缩力减弱，形成恶性循环，加重便秘。
2、食物成分不当
大便性质和食物成分关系密切。如食物中含大量蛋白质，而碳水化物不足，肠道菌群继发改变，肠内容发酵过程少，大便易呈碱性，干燥;如食物中含较多的碳水化物，肠道发酵菌增多，发酵作用增加，产酸多，大便易呈酸性，次数多而软;如食入脂肪和碳水化物都高，则大便润利。如进食大量钙化酪蛋白，粪便中含多量不能溶解的钙皂，粪便增多，且易便秘。碳水化物中米粉、面粉类食品较谷类食品易于便秘。小儿偏食，许多小儿喜食肉类，少吃或不吃蔬菜，食物中纤维素太少，也易发生便秘。
3、肠道功能失常
生活不规律和缺乏按时大便的训练，未形成排便的条件反射导致便秘很常见。另外学龄儿童常因无清晨大便的习惯，而学习时间不能随时排便，上课时憋住大便也是导致便秘的常见原因。常用泻剂或灌肠，缺少体力活动，或患慢性病如：营养不良、佝偻病、高钙血症、皮肌炎、呆小病及先天性肌无力等，都因肠壁肌肉乏力、功能失常而便秘。交感神经功能失常、腹肌软弱或麻痹也常使大便秘结。服用某些药物可使肠蠕动减少而便秘，如抗胆碱能药物、抗酸剂、某些抗惊厥药、利尿剂以及铁剂等。
4、体格与生理的异常
如肛门裂、肛门狭窄、先天性巨结肠、脊柱裂或肿瘤压迫马尾等都能引起便秘。应进行肛门指检、下部脊柱和会阴部检查。有的患儿生后即便秘，如有家族史，可能和遗传有关。
5、精神因素
小儿受突然的精神刺激，或环境和生活习惯的突然改变也可引起短时间的便秘。
新生儿便秘症状：
新生儿便秘症状表现主要为大便量少、干硬、呈卵石样(即使每天仍有排便现象)，伴有排便困难，排便时疼痛，啼哭不休;粪便表面带血，肛门溢粪，排便时长时间过度用力，腹部疼痛及腹胀，性情偏执和倦怠，食欲下降。
严重便秘新生儿甚至发生肛裂，肛裂的发生使新生儿对大便产生恐惧心理，害怕去卫生间，造成恶性循环，久之可引起腹账、食欲减退和睡眠不宁等症状。
对于正常孩子来说，每天都要大便的，如果要是小孩子三天不大便肯定就是便秘了。有的时候隔一天大便一次，偶然一次还可以，如果老是隔一天大便一次也算是便秘。
新生儿胃肠道神经调节不健全，胃肠功能发育不完善，若用药物通便，容易导致胃肠功能紊乱，发生腹泻等。经络疏通法，外用药物治疗小儿便秘，不损伤胃肠，让新生儿不再受便秘之苦。